神秘博士第三季

第1集　　玛莎 Jones所在的医院内有外星逃犯藏身，整座医院被宇宙警察送到月球，逃犯用一种特殊的方式暂时隐藏了自己的种族，而非人类的博士却被警察追赶。氧气就快要用完了，博士用牺牲自己的方式迫使逃犯中计，及时令医院回到地球。(法师第二次出现）

第2集　　博士和玛莎回到了过去观看玛莎的偶像莎士比亚的戏剧，竟然发现就要上映的是传说中不存在的《爱情胜利》，上映之时，女巫从舞台上飞出，原来莎士比亚被控制，戏中的台词都是解除女巫封印的词语。在莎士比亚不断创造的新词语下，女巫被再次封印。

第3集　　博士和玛莎来到五十亿零五十三年后的新地球的第十五纽约，却只看到地下城的贫民窟和一望无际停滞的车流，玛莎被其中一辆车劫走，博士为救玛莎也搭上了某辆车。Boe之脸为了拯救城市，将自己最后的生命转化为能量，临终前Boe之脸告诉博士他最大的秘密——You Are Not Alone（你并不孤单）。【Boe之脸第三次出现并死亡】

第4集　　博士和玛莎回到了大萧条时期的美国，看到了帝国大厦正在建筑中，旁边的公园则住满了失业的人群，有人说公园里的人不断减少，每天都有人失踪。博士决定一探究竟，没想到又是戴立克的一个阴谋。

第5集　　戴立克成功的与人类融合，而且还拥有了人类的感情，博士就想和人型戴立克合作，改造戴立克一族。但是其他戴立克却杀死了人型戴立克。最后博士和玛莎以及一名英勇的美国人合力瓦解了戴立克的阴谋。

第6集　　英国的一名著名教授制作了一套返老还童的机器，成功从70多岁的老人变成一个20、30多岁的年轻人。但DNA不稳定使教授发生变异，他变成了一只巨大的蝎子怪，杀死了自己的合作伙伴。后来在约会玛莎的妹妹的时候再次变身，还失去理智到处杀人，最终被博士阻止。

第7集　　博士和玛莎在太空旅行的途中误上了一艘使用违禁手段的采矿船，而船再过42分钟后就会坠入太阳。在船上有两个人不知何故体温不断提高，并且变得极度凶残危险。后来博士才发现原来这里的太阳实际上是一种生命体，由于采矿船实际上在挖掘生命体的核心，所以它要报复船上的人。最后船上的人打开仓库丢弃所有太阳物质后终于脱险。

第8集　　博士为了躲避宇宙中的一个嗜血家族而令自己变成人类，将所有记忆和力量隐藏在一只怀表里，化名约翰·史密斯(John Smith)在英国的一家著名大学当老师，玛莎则成了他的黑人女仆，博士还和学校里的护士长坠入爱河。然而外星人还是追来了，学校附近不断有人被抓去做这个家族的寄生者，而被外星人控制的稻草人四处攻击学生，更严重的是怀表丢了。

第9集　　博士的身份暴露了，然而人类博士却不敢面对，他放不下约翰·史密斯的生活和爱情。后来一名学生把怀表交给博士，博士终于打开怀表，释放自己的一切记忆与能量。最终博士制裁了嗜血家族的四名人员：父亲被用矮星之核做的链条绑起来，母亲推进一个正在坍缩的星系视界，妹妹被放到了镜子中的世界，而哥哥则变成了一个稻草人，至今仍在守望英国的土地。而且他们四个都得到了他们所想要的——永生。这时家族才明白，其实博士完全有能力对付他们，原先的逃跑躲避只是博士太仁慈，不想伤害他们。

第10集　　一名英国女生Sally Sparrow在一所“鬼屋”探险时撕开墙纸，墙上竟然有她的名字，还写着“快逃，小心石像”的字眼。于是她第二天与一位朋友一同再来，她听见门铃响去开门，而她的朋友却突然消失了。这时门外进来一位自称是她的朋友的孙子的人给了她一封信，信上说“你看到这封信的时候我刚刚消失了，到楼上拿走天使手中的钥匙，小心石像……”后来她找到了她朋友的哥哥，从17盘录像中找到了博士说的话，她赶紧到警视厅报案，结果那个帮助他的警探也回到了过去，他们再次遇到时他已经年老得即将死去。原来博士和玛莎因为接触了天使石像，被石像困在过去，博士希望Sally帮忙把塔迪斯送到过去。Sally和Larry再次来到鬼屋，四个天使穷追不舍。最后她在博士的指导下，终于把塔迪斯送到了过去，同时让天使成为了真正的石像。（本集获2008年雨果奖最佳戏剧表现短片）

第11集　　博士和玛莎把塔迪斯停到了卡迪夫的时间裂缝上补充能量，一直在卡迪夫等着博士的杰克·哈克尼斯在博士离开的前一刻出现牢牢抓住塔迪斯，并被带去了宇宙末日。杰克用博士被砍下的旧手（见第一季特别篇）追踪博士。博士向杰克解释当初罗斯把他复活过来是用了时间的力量，使得他成为了时间轴上一个不变的定点，不会年老不会死亡，这完全违反了自然定律。博士一行人在那里遇到了负责研究该火箭的教授亚纳YANA（即YOU ARE NOT ALONE“你并不孤单的”的英文简写)，在教授的请求下，博士答应帮助修好了火箭。而玛莎发现教授居然有一个和博士一模一样的怀表，教授受到怀表的威胁而打开了怀表，变回了时间领主族人。原来他竟然是博士以前的族人法师Master，法师抢走了他迪斯Tardis，把博士一行人留在了宇宙末日。博士无法可施，只能在最后一刻锁定塔迪斯的坐标和时间，使它只能往返于21世纪的地球和宇宙末日。

第12集　　博士一行人回到了地球，发现所有人都在打一种不知含义的四节拍拍子，还发现自己错过了首相大选，新首相竟然就是化名为萨克森的法师！法师为了抓住博士，在全国通缉博士三人。可是法师已经在地球一段时间了，参与了大天使卫星网络以及勇气号航天飞船的制造。在成为了首相之后，他杀死了所有的内阁，并带来一种新的生物，还捉走了玛莎的所有家人（这一集中发现玛莎的母亲和一群联邦调查员一起，原来是法师安排的）、博士和杰克，博士发现所谓的新生物竟然是宇宙末日的人类！原来法师将塔迪斯改装成了谬误机，法师不杀死博士，而是令博士加速老化了900年，并把他关在一个笼子里。法师把全地球的人当做奴隶为他制造武器，准备挑起宇宙大战。

第13集　　玛莎用一年的时间走遍了世界，说是要拿走为了防止时间族威胁地球而制造的4种化学药剂，据说混合后可以杀死时间族并且令他们不再复活。然而最后一种药剂尚未得到，玛莎却被捉住了。在法师为宇宙大战的爆发倒数时，所有人类一起高呼：博士！博士！博士！地球人心灵的力量，加上大天使网络，让博士重获新生。博士原谅了法师，而法师的夫人向他开了一枪。法师将死时博士紧紧抱住他道：“快重生，我们是最后的时间领主，别留下我一个！”可是法师说道：“那一次，我听到了战鼓的声音，我一生注定是一个战士，我也只有像战士一样死去才能带来和平。”(每一个时间领主幼年时都要面对一个未经淬炼的时空，他们中有的会得到启示，有的会逃跑，有的会疯掉，法师见到后疯了；而博士则是逃跑了) 最后博士火葬了法师，当他再次邀请玛莎一起旅行，玛莎婉拒了他。Boe之脸的真正身份将在这一集揭晓。